Исследователи из Детской исследовательской больницы Св. Иуды создали базу данных AlphaSync, которая регулярно обновляет предсказанные структуры белков, обеспечивая ученых самой актуальной информацией.Форма белков определяет их функцию, что делает доступ к качественным структурным моделям
Читать дальше →
ДНК — это не просто длинная строка генетического кода, а сложная трехмерная структура, свернутая внутри каждой клетки. Это означает, что инструменты для изучения ДНК должны быть столь же сложными — способными читать не только сам код, но и то, как он расположен в пространстве.Исследователи из
Читать дальше →
С началом пандемии COVID-19 исследователи столкнулись с проблемой построения эволюционных деревьев (филогенетических деревьев) вируса. Эти деревья помогают ученым понять, когда появляются новые штаммы и как они связаны между собой. Однако анализ миллионов геномов сделал проверку надежности
Читать дальше →
Исследователи из Токийского университета науки совершили значительный прорыв в компьютерном моделировании процесса сворачивания молекул РНК. Используя современные вычислительные методы, ученые смогли точно предсказать трехмерные структуры сложных РНК-шпилек.Доцент Тадаси Андо провел масштабное
Читать дальше →
Современные программы искусственного интеллекта, такие как AlphaFold и RosettaFold, используются для прогнозирования взаимодействия белков с молекулами лекарств. Однако новое исследование Университета Базеля, опубликованное в Nature Communications, показало, что эти ИИ-модели не понимают
Читать дальше →
Исследователи из Цюрихской высшей технической школы (ETH Zurich) разработали поисковую систему MetaGraph, которая позволяет ученым мгновенно искать по миллиардам генетических последовательностей в гигантских базах данных, таких как SRA и ENA. Эти архивы содержат около 100 петабайт информации, что
Читать дальше →
Учёные из Университета Глазго использовали мощный суперкомпьютер, обычно применяемый астрономами и физиками, для создания новой модели машинного обучения, способной «переводить» язык белков.В исследовании, опубликованном в журнале Nature Communications, междисциплинарная команда разработала
Читать дальше →
Группа из 20 студентов Технологического института Джорджии опубликовала научную статью в журнале ACS Chemical Biology. Работа стала результатом семестрового лабораторного курса, в ходе которого студенты анализировали геномы морских бактерий, собранных у побережья Ки-Уэста (Флорида).Курс BIOS
Читать дальше →
Конвергентная эволюция — процесс, при котором различные виды независимо развивают схожие черты или функции, такие как крылья у птиц и летучих мышей, — давно вызывает интерес у биологов. Теперь исследовательская группа под руководством профессора Цзоу Чжэнтина из Института зоологии Китайской
Читать дальше →
Новый инструмент для выравнивания последовательностей ДНК, LexicMap, позволяет исследователям искать определённые последовательности ДНК среди миллионов бактериальных и архейных геномов всего за несколько минут. Это помогает учёным отслеживать вспышки заболеваний, изучать устойчивость к
Читать дальше →
Учёные из Института перспективных исследований человеческой биологии (WPI-ASHBi) Киотского университета разработали инновационный метод iRECODE для снижения шумов в данных одноклеточного анализа. Технология устраняет как технические шумы (возникающие в процессе измерений), так и батч-шум (связанный
Читать дальше →
Белки выполняют свои многочисленные функции через физические взаимодействия с другими молекулами, в частности, с малыми молекулами, присутствующими в клетках, такими как метаболиты. Эти взаимодействия происходят на определенных сайтах связывания на поверхностях белков.Ученые из Института
Читать дальше →
Большинство хорошо изученных белков являются свернутыми, то есть имеют определенную трехмерную форму, которая помогает определять специфическую функцию каждого белка. Но по мере совершенствования научных инструментов росло и понимание того, что многие важные белки — или их участки — не сохраняют
Читать дальше →
Учёные из Университета Гёте во Франкфурте разработали биоинформатический метод fDOG (Feature architecture-aware directed ortholog search), позволяющий идентифицировать организмы, способные разлагать целлюлозу в мёртвой древесине и листьях. Исследование опубликовано в журнале Molecular Biology and
Читать дальше →
В последние годы модели, способные предсказывать структуру и функции белков, нашли широкое применение в биологии — от поиска мишеней для лекарств до разработки терапевтических антител. Однако до сих пор оставалось загадкой, как именно эти модели, основанные на технологиях больших языковых моделей
Читать дальше →
Учёные из EMBL-EBI и Гейдельбергского университета разработали CORNETO — новый вычислительный инструмент, использующий машинное обучение для извлечения значимых данных из сложных биологических массивов. Подробности опубликованы в журнале Nature Machine Intelligence.CORNETO позволяет извлекать
Читать дальше →
Крупный научный прорыв в моделировании белков, разработанный Microsoft Research AI for Science, опубликован в журнале Science. Исследование представляет BioEmu — генеративную систему глубокого обучения, которая с беспрецедентной скоростью и точностью имитирует равновесное поведение белков.
Читать дальше →
Для борьбы с вирусами, бактериями и другими патогенами синтетическая биология предлагает новые технологические подходы, эффективность которых проверяется экспериментально. Исследователи применили интеграцию данных и искусственный интеллект (ИИ) для разработки подхода машинного обучения, который
Читать дальше →
