Новый метод iRECODE очищает данные одноклеточного анализа от шумов
Учёные из Института перспективных исследований человеческой биологии (WPI-ASHBi) Киотского университета разработали инновационный метод iRECODE для снижения шумов в данных одноклеточного анализа. Технология устраняет как технические шумы (возникающие в процессе измерений), так и батч-шум (связанный с различиями в экспериментальных условиях или оборудовании).
Одноклеточный анализ, включая РНК-секвенирование, сталкивается с проблемой «проклятия размерности» — когда случайный шум в высокоразмерных данных маскирует истинные биологические сигналы. Традиционные статистические методы часто не справляются с выделением значимых паттернов в таких условиях.
iRECODE, являясь развитием более раннего метода RECODE, применяет передовые статистические подходы для снижения шумов с высокой точностью и низкими вычислительными затратами. Метод работает в 10 раз эффективнее комбинации отдельных методов снижения технического шума и коррекции батч-эффектов.
Технология применима к различным типам одноклеточных данных: РНК-секвенированию, spatial transcriptomics и scHi-C. Она позволяет выявлять редкие типы клеток и тонкие биологические изменения, важные для изучения сложных процессов, таких как старение или ранние стадии заболеваний.
Профессор Юсуке Имото, руководитель исследования, пояснил:
«Одноклеточные данные захватывают бесчисленные клеточные "шепоты", но расслышать эти шёпоты сквозь шум чрезвычайно сложно. iRECODE поднимает эти голоса на поверхность».
Результаты работы опубликованы в журнале Cell Reports Methods. Исследователи ожидают, что iRECODE станет стандартным инструментом предобработки данных в single-cell studies.
0 комментариев