Новый метод TDAC-seq позволяет изучать «тёмную материю» генома

Учёные из Гарварда под руководством химика Брайана Лиау разработали технологию TDAC-seq, которая позволяет с разрешением в один нуклеотид изучать, как регулируется активность генов. Метод описан в журнале Nature Methods.

TDAC-seq (Targeted Deaminase Accessible Chromatin sequencing) показывает, как сотни генетических изменений влияют на структуру хроматина — упаковки ДНК, которая определяет, какие гены доступны для «включения».

Новый подход наконец позволяет изучать некодирующую ДНК, которая составляет около 98% генома и долгое время оставалась его «тёмной материей».

«Этот инновационный метод предлагает беспрецедентный взгляд на элементы ДНК, которые управляют нашим геномом», — отметил профессор Дэвид Лю.

В основе технологии — бактериальный фермент DddA, который помечает открытые участки ДНК, преобразуя цитозин в тимин без разрыва цепи. Комбинируя это с CRISPR-редактированием, учёные смогли отслеживать доступность ДНК после внесения изменений.

Метод уже протестирован на регионах, контролирующих фетальный гемоглобин, что важно для лечения серповидноклеточной анемии. Исследователи смогли повысить уровень фетального глобина с помощью редактирования генома и измерить результирующие изменения в хроматине.

Технология TDAC-seq может применяться для скрининга стратегий генной терапии и разработки более точных методов лечения различных заболеваний.