Ученые создали алгоритм для изучения белков, связанных с раком
Исследователи из Университета Вашингтона в Сент-Луисе разработали алгоритм для изучения внутренне неупорядоченных областей белков (IDR), которые играют важную роль в развитии раковых заболеваний.
Кирстен Рафф и Мэттью Кинг из лаборатории Рохита Паппу использовали алгоритм NARDINI+ для анализа аминокислотных последовательностей IDR. С помощью машинного обучения без учителя они обнаружили, что «грамматики» естественных последовательностей образуют конечное число кластеров, названных GIN.
Используя машинное обучение без учителя, исследователи из лаборатории Рохита Паппу обнаружили конечное число грамматик, называемых GIN-кластерами. Анализ показал, что специфические GIN-кластеры связаны с определением предпочтений локализации белков в клетках. Автор: Pappu lab
«Если белковая область не принимает специфическую структуру, то выяснение функций, которые она может выполнять, становится сложной задачей», — объяснил Паппу, изучающий IDR почти два десятилетия.
В сотрудничестве с лабораторией Сигалл Кадоч из Института рака Дана-Фарбер исследователи показали, что ранее обнаруженные корреляции между парами генов в раковых клетках можно объяснить как корреляции между грамматиками IDR.
Автор: Cell (2025). DOI: 10.1016/j.cell.2025.10.019
«Наличие IDR с определенной грамматикой似乎是关键ным determinantом предпочтительной субклеточной локализации белка», — отметил Кинг.
Рафф добавила: «Важное открытие, возникшее из создания GIN — осознание того, что транслокации генов, вызывающие специфические человеческие раки, являются результатом разрушения грамматик IDR мутациями».
Новый ресурс GIN обещает стать полезным инструментом для исследований, направленных на раскрытие новой информации о IDR и понимание того, как измененные грамматики IDR управляют программами пролиферации в человеческих раках.
0 комментариев