Ученые создали инструмент для одновременного изучения ДНК и РНК в одной клетке
Ученые EMBL создали SDR-seq — инструмент для одновременного изучения ДНК и РНК в одной клетке, связывая кодирующие и некодирующие генетические варианты с экспрессией генов. Автор: Daniela Velasco/EMBL
Ученые из Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) разработали новый инструмент SDR-seq, который позволяет одновременно изучать геномные вариации и РНК в одной клетке. Эта технология превосходит существующие методы по точности и масштабируемости.
Особенность инструмента заключается в возможности определять вариации в некодирующих областях генома, где происходит более 95% вариантов ДНК, связанных с заболеваниями. До сих пор ученые не могли одновременно наблюдать ДНК и РНК из одной клетки в масштабе, чтобы определить функции вариантов ДНК и их последствия.
«Это давняя проблема, поскольку современные методы изучения ДНК и РНК в одной клетке имели ограниченную пропускную способность, недостаточную чувствительность и были сложны», — объяснил ведущий автор исследования Доминик Линденхофер.
Технология использует эмульсионные капли масло-вода, где каждая капля содержит одну клетку, что позволяет анализировать тысячи клеток одновременно и напрямую связывать генетические изменения с активностью генов.
В тестах с клетками B-клеточной лимфомы ученые обнаружили, что раковые клетки с большим количеством вариантов имели усиленные сигналы, способствующие росту рака. Ларс Штейнмец, старший автор статьи, отметил, что этот инструмент открывает новые возможности для понимания того, как варианты регулируют заболевания, что может привести к улучшению методов лечения.
Исследование опубликовано в журнале Nature Methods.
0 комментариев