Неправильный геномный шаблон искажает картину выживания видов

Новое исследование учёных из Университета Южной Калифорнии показало, что использование неправильной «референсной геномной сборки» — основной последовательности ДНК, с которой сравниваются гены, — может значительно искажать представления о состоянии вида и его шансах на выживание. Работа опубликована в журнале Cell.

Когда учёные хотят проследить, как вид менялся со временем, и спрогнозировать его перспективы, они обращаются к ДНК. Однако если генетическая карта, которой они пользуются, принадлежит другому животному, результаты могут быть ошибочными.

Исследование на примере серой лисицы, одного из самых распространённых диких псовых в Северной Америке, показало, что использование генома собаки или песца вместо собственного генома серой лисицы заставляло популяции выглядеть меньше, менее разнообразными и даже сокращающимися, хотя на самом деле они были стабильны или росли.

«Оказывается, выбранный референс действительно меняет историю, которую вы рассказываете о виде», — сказала ведущий автор исследования Джазлин Муни. — «Если использовать неправильный референс, можно получить вводящие в заблуждение ответы об истории, здоровье вида и даже его шансах на долгосрочное выживание».

Команда повторно проанализировала ДНК 12 серых лисиц, сравнив, как их геномы выстраиваются относительно трёх разных референсов: самой серой лисицы, домашней собаки и песца. Результаты сильно различались:

• При использовании собственного генома серой лисицы исследователи обнаружили на 26–32% больше генетических различий между особями.
• Оценки численности популяции были на 30–60% выше.
• Например, в западной части США геном серой лисицы показал стабильность и рост, тогда как геномы собаки и песца указывали на спад.
• Неверный референс также создавал ложные признаки естественного отбора, выдавая вдвое больше «горячих точек» ДНК, которые на самом деле были ложными сигналами.

Последствия этого исследования выходят далеко за рамки лисиц. Биологи- conservationists используют генетические данные для принятия решений о том, какие популяции защищать, как разрабатывать программы разведения и оценивать риск инбридинга у исчезающих видов. Если генетическая картина искажена, эти решения могут оказаться ошибочными.

«Сохранение мирового биоразнообразия — это не просто спасение животных ради них самих», — отмечает Муни. — «Биоразнообразие поддерживает чистую воду, продовольственную безопасность и стабильность климата. Если природоохранные планы основаны на неполной или предвзятой генетической информации, мы рискуем неправильно управлять видами и ослабить природные системы, от которых зависят люди».

Исследователи призывают инвестировать в создание видовых референсных геномов. Хотя сборка высококачественной геномной последовательности — дорогое удовольствие, и почти 99% видов всё ещё её не имеют, результат может быть крайне важна для их сохранения.

Источник: Maria Akopyan et al, Reference genome choice compromises population genetic analyses, Cell (2025). DOI: 10.1016/j.cell.2025.08.034