Создан крупнейший каталог микробиома кишечника собак

Исследователи из британского Института науки о домашних животных Waltham представили наиболее полный на сегодняшний день таксономический и функциональный каталог микробиома кишечника собак. Учёные проанализировали образцы от 107 здоровых собак из США и Европы, выявив сотни новых бактериальных штаммов.

Несмотря на растущий интерес к микробиому, исследования, посвящённые домашним питомцам, остаются ограниченными. Большая часть работ сосредоточена на человеке. В результате, как отмечают авторы, понимание микробиома собак остаётся неполным: ранее лишь 25% метагеномных последовательностей можно было сопоставить с известными геномами.

В новом исследовании, опубликованном в журнале Microbiome, учёные провели полногеномное секвенирование 501 образца фекалий. В результате было реконструировано 5753 метагеномно-собранных генома, которые затем свели к 1031 штамму.

Из них 982 оказались новыми штаммами, специфичными для собак, 89 — новыми видами, а 10 — новыми родами бактерий. Благодаря новому каталогу процент успешного сопоставления последовательностей вырос с 25% до 95%.

Самой распространённой бактерией оказалась Prevotella copri (8,1%), которая также доминирует в кишечнике человека. Некоторые из вновь идентифицированных видов играют ключевую роль в метаболизме углеводов, производстве короткоцепочечных жирных кислот и витаминов, а также в метаболизме желчных кислот. Все обнаруженные новые виды являются комменсалами, то есть не вредят и не приносят явной пользы хозяину.

Созданный ресурс позволит лучше изучать изменения микробиома при заболеваниях, старении и диетических вмешательствах, а также разрабатывать пробиотики и специальные корма для собак.