Стал известен сюжет Half-Life 2: Episode 3

По сюжету Гордон и Аликс отправляются в Антарктиду, где пытаются найти корабль «Борей». Их вертолет сбивают, однако они все равно обнаруживают судно, которое находится в самом центре огромной базы Альянса и циклично «выпадает из реальности». После этого герои сталкиваются с Доктором Брином, чье сознание теперь находится в теле инопланетянина, после чего спасают Джудит Моссман и попадают на «Борей».

На борту герои несутся сквозь пространство и время и видят события минувшего и грядущего — происхождение корабля, завоевание Земли и прочие миры, которые захватывает Альянс. Джудит и Аликс начинают спорить, что делать с кораблем, и затем Аликс убивает Моссман и решает ликвидировать корабль. В скором времени появляется G-Man, который забирает с собой Аликс, а перед самым взрывом спасает от смерти Гордона при помощи портала. Фримен оказывается на незнакомом побережье, однако не знает, как все закончилось.

Желающих прочесть историю было так много, что веб-сайт Марка даже рухнул под наплывом пользователей. Когда комментаторы попросили Лейдлоу объяснить отдельные моменты, делать это он отказался. Более того, историю свою он назвал «фанатской фантазией», однако ближе к концу отметил, что Valve когда-нибудь может воплотить ее в действительность.