CellWhisperer: ИИ для анализа биомедицинских данных с помощью обычного языка

Исследователи под руководством Кристофа Бока из Центра молекулярной медицины Австрийской академии наук разработали CellWhisperer — ИИ-метод для анализа данных одноклеточного секвенирования РНК с помощью обычного английского языка.

Система использует мультимодальное глубокое обучение, связывая профили активности генов с биологическими текстовыми описаниями из более чем миллиона образцов. Это позволяет ученым задавать текстовые запросы, например: «Покажи иммунные клетки из воспаленной толстой кишки пациентов с аутоиммунными заболеваниями».

CellWhisperer интегрирует большую языковую модель, обученную имитировать дискуссии между биологами и биоинформатиками. Пользователи могут спрашивать о генах, активных в определенных клетках, и получать комментарии о потенциальных биологических последствиях.

«CellWhisperer — это не просто упрощение биомедицинских исследований, он помогает мне понять, что происходит в изучаемых мною клетках», — говорит соавтор Петер Пенедер.

Исследование опубликовано в журнале Nature Biotechnology. Система доступна через веб-интерфейс на основе браузера CELLxGENE.